L’histoire de L’Habitant de l’Infini suit Manji, un samouraï immortel maudit par des vers mystiques qui guérissent ses blessures et le rendent pratiquement invincible. Ayant tué 100 samouraïs innocents sous les ordres de son seigneur corrompu, Manji est hanté par ses crimes et décide de racheter son âme en tuant 1000 hommes mauvais pour chaque innocent qu’il a tué.
Sa quête de rédemption prend un tournant lorsqu’il rencontre Rin Asano, une jeune fille dont les parents ont été massacrés par un groupe d’épéistes appelé l’Ittō-ryū. Rin cherche à se venger de ces hommes, et Manji, voyant en elle une chance de se racheter, accepte de devenir son garde du corps. Ensemble, ils parcourent le Japon à la poursuite des membres de l’Ittō-ryū, affrontant de redoutables guerriers, des dilemmes moraux, et des ennemis encore plus dangereux.